宽场显微镜
宽场显微镜使用相机采集图像。当成像视野大于相机芯片的时候，就会出现暗角，最终导致拼图产生阴影，因此确保使视野小于芯片大小是避免阴影的关键。
在宽场显微镜上，可以通过设置Acquisition ROI来改变成像视野大小。
由于不同相机芯片大小有别，很难给出一个通用的参考值，因此建议只要视野略小于相机大小即可。具体可以参照下图
▲ 图中黑色区域代表相机芯片，蓝色框代表视野大小。图中的蓝色框和黑色区域大小一样，代表视野和相机芯片大小一样。通过修改ROI数字，使得蓝色框(视野)略小于黑色区域(相机芯片)即可。
针孔 (pinhole)
针孔的大小影响着可通过的光信号量，进而影响视野亮度。
针孔越小，视野越暗，则越容易出现拼痕。因此建议在做拼图成像的时候，pinhole不小于1，并且可以根据实际情况适当往上微调。
但是注意，针孔越大，光学分辨率越差，因此需要把握好平衡。
放大倍数 (Zoom)
在西安蔡司激光共聚焦显微镜(点击查看)上，当放大倍数越小，视野则越大，也更加容易出现暗角。
因此建议在做拼图成像的时候，Zoom不小于1，并且可以根据实际情况适当往上微调。
但是注意，Zoom越大，视野越小，需要做的拼图数更多，成像时间更长，因此需要把握好平衡。
▲ 做拼图的时候共聚焦上需要确保针孔不小于1 Airy Unit，以及放大倍数不小于1。
图像处理
无论是宽场还是共聚焦，拼图拍完后都必须进行拼接 (Stitching) 图像处理，使不同的拼图连接在一起，消除错位。
具体步骤：在ZEN Blue -> Image Processing -> 搜索”Stitching” -> 选择 “New Output” -> 点击Apply，即可生成一张拼接好的大视野图像。
当图像部分地方存在阴影的时候，可以尝试在Stitching处理中，选上 “Fuse tiles” 或者 “Correct Shading“ 或两者全选，来去除阴影。
▲ Fuse tiles和Correct Shading处理以及处理前后对比图。
以上就是拼图实验中，常见的导致拼痕、阴影的原因以及解决办法。如果按照以上方法处理后图像还是有很严重的拼痕或者阴影，可以联系我们4001500108的工程师解决哦。
